En France, catholiques et protestants s’opposent durant les guerres de Religion (1562-1598). Niort va ainsi subir des sièges de la part des deux camps. L’Edit de Nantes signé en 1598 met un terme à plusieurs années de guerre en donnant la liberté de culte aux protestants dans certaines villes dont Niort. Mais tout au long du 17ème siècle l’Eglise catholique, soutenue par l’Etat, regagne du terrain. En 1685, la révocation de l’Edit de Nantes chasse 4 000 habitants de Niort parmi eux des drapiers qui commerçaient avec le Canada depuis 1608. Malgré les persécutions, de nombreux protestants restent.
